{"id":8167,"date":"2024-07-19T19:26:56","date_gmt":"2024-07-19T19:26:56","guid":{"rendered":"https:\/\/www.nemistech.com\/le-sequencage-du-genome-entier-et-lavenir-de-la-securite-alimentaire\/"},"modified":"2025-04-10T10:25:01","modified_gmt":"2025-04-10T10:25:01","slug":"le-sequencage-du-genome-entier-et-lavenir-de-la-securite-alimentaire","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/nemistech.keepnetics.com\/fr\/blog\/le-sequencage-du-genome-entier-et-lavenir-de-la-securite-alimentaire\/","title":{"rendered":"LE S\u00c9QUEN\u00c7AGE DU G\u00c9NOME ENTIER ET L&rsquo;AVENIR DE LA S\u00c9CURIT\u00c9 ALIMENTAIRE"},"content":{"rendered":"<p style=\"text-align: justify;\"><span>Une interview exclusive avec le professeur Lars Fieseler, responsable de la microbiologie alimentaire chez ZHAW<\/span><\/p>\n<p><!--more--><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\"><span>Franzisca Gartenmann, responsable marketing chez NEMIS Technologies :<\/span><\/p>\n<p style=\"font-weight: bold; text-align: justify;\"><em>Bonjour Lars, je suis ravie de vous parler. Puisque l&rsquo;objet de cette interview est l&rsquo;avenir de la s\u00e9curit\u00e9 alimentaire, commen\u00e7ons par la question la plus cruciale. \u00c0 votre avis, \u00e0 quoi ressemblera l&rsquo;avenir de la s\u00e9curit\u00e9 alimentaire dans quelques ann\u00e9es ?<\/em><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\"><span>Je suppose qu&rsquo;\u00e0 l&rsquo;avenir, nous trouverons autant de pathog\u00e8nes autour de la cha\u00eene de production alimentaire qu&rsquo;aujourd&rsquo;hui. <span>Toutefois, ce qui deviendra de plus en plus important, c&rsquo;est de d\u00e9terminer la s\u00e9quence g\u00e9nomique compl\u00e8te d&rsquo;un agent pathog\u00e8ne isol\u00e9 pour remonter jusqu&rsquo;\u00e0 son origine.<\/span> Car ce que nous devons comprendre apr\u00e8s la d\u00e9couverte d&rsquo;un agent pathog\u00e8ne, c&rsquo;est d&rsquo;o\u00f9 il vient et comment il a p\u00e9n\u00e9tr\u00e9 dans le produit. Il existe deux possibilit\u00e9s diff\u00e9rentes. Premi\u00e8rement, l&rsquo;agent pathog\u00e8ne d\u00e9tect\u00e9 pourrait \u00eatre associ\u00e9 aux mati\u00e8res premi\u00e8res. Ou deuxi\u00e8mement, il \u00e9tait pr\u00e9sent dans l&rsquo;environnement de production et une contamination crois\u00e9e a eu lieu. L&rsquo;obtention d&rsquo;un r\u00e9sultat positif dans le cadre de mon programme de surveillance de l&rsquo;environnement n&rsquo;indique pas comment la contamination s&rsquo;est produite ni comment l&rsquo;agent pathog\u00e8ne sp\u00e9cifique a p\u00e9n\u00e9tr\u00e9 dans l&rsquo;installation de production. Mais cette information est essentielle, car ce que je veux en d\u00e9duire mesure comment emp\u00eacher que la contamination de cette souche particuli\u00e8re ne se reproduise. Par cons\u00e9quent, je dois non seulement d\u00e9tecter les bact\u00e9ries pathog\u00e8nes, mais aussi les identifier. Au-del\u00e0 de la simple connaissance de l&rsquo;esp\u00e8ce, je dois savoir de quelle souche il s&rsquo;agit et si elle a d\u00e9j\u00e0 \u00e9t\u00e9 isol\u00e9e ailleurs dans le monde. Traditionnellement, on utilise des technologies et des m\u00e9thodes pour identifier un th\u00e8me, mais on a constat\u00e9 que nombre d&rsquo;entre elles ne sont tout simplement pas assez pr\u00e9cises. Le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome entier ouvre une toute nouvelle \u00e8re de possibilit\u00e9s, car la d\u00e9termination de la s\u00e9quence compl\u00e8te du g\u00e9nome se traduit par trois \u00e0 quatre millions de points de donn\u00e9es qui permettent une identification tr\u00e8s pr\u00e9cise et une comparaison ult\u00e9rieure avec d&rsquo;autres entr\u00e9es de donn\u00e9es. Le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome entier est donc, \u00e0 mes yeux, la technologie la plus puissante pour identifier pr\u00e9cis\u00e9ment un agent pathog\u00e8ne aujourd&rsquo;hui. Et c&rsquo;est aussi ce dont nous avons besoin de toute urgence pour produire des aliments plus s\u00fbrs aujourd&rsquo;hui et \u00e0 l&rsquo;avenir.<\/span><\/p>\n<p style=\"text-align: center;\"><span>Lire aussi: <a href=\"https:\/\/blog.nemistech.com\/fr\/d%C3%A9mocratiser-la-s%C3%A9curit%C3%A9-alimentaire-pour-tous-et-partout\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\"><span data-contrast=\"none\">D\u00e9mocratiser la s\u00e9curit\u00e9 alimentaire &#8211; pour tous et partout<\/span><\/a><\/span><\/p>\n<div class=\"hs-embed-wrapper hs-fullwidth-embed\" style=\"position: relative; overflow: hidden; width: 100%; height: auto; padding: 0px; min-width: 256px; display: block; margin: auto; text-align: justify;\" data-service=\"youtube\" data-responsive=\"true\">\n<div class=\"hs-embed-content-wrapper\">\n<div style=\"position: relative; overflow: hidden; max-width: 100%; padding-bottom: 56.5%; margin: 0px;\"><iframe src=\"https:\/\/www.youtube.com\/embed\/YCUCCjOZk6w?feature=oembed\" frameborder=\"0\" allowfullscreen=\"allowfullscreen\"><\/iframe><\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<p style=\"text-align: justify;\">\n<p style=\"font-weight: bold; text-align: justify;\"><em>On dirait que cela va augmenter consid\u00e9rablement la pression sur les producteurs alimentaires. Pensez-vous que cette technologie restera principalement entre les mains du gouvernement ou que l&rsquo;ensemble du secteur l&rsquo;utilisera ?<\/em><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\"><span>Bien s\u00fbr, tout en rendant les aliments plus s\u00fbrs, elle augmente aussi consid\u00e9rablement la pression sur les producteurs alimentaires. Cependant, beaucoup de choses doivent encore \u00eatre clarifi\u00e9es et r\u00e9glement\u00e9es.<\/span> <span>\u00c0 l&rsquo;heure actuelle, chaque fois qu&rsquo;une \u00e9pid\u00e9mie d&rsquo;agent pathog\u00e8ne d&rsquo;origine alimentaire est li\u00e9e \u00e0 un produit particulier, le g\u00e9nome entier de ce dernier est s\u00e9quenc\u00e9. <\/span><span>C&rsquo;est l\u00e0 o\u00f9 nous en sommes actuellement. Mais aujourd&rsquo;hui, la situation pourrait changer, car si nous commen\u00e7ons \u00e0 s\u00e9quencer les bact\u00e9ries d\u00e9tect\u00e9es dans l&rsquo;environnement de production, nous devons pr\u00e9ciser comment proc\u00e9der. Aujourd&rsquo;hui, la responsabilit\u00e9 l\u00e9gale du fabricant d&rsquo;aliments est de confectionner des produits s\u00fbrs. Personne ne demande un comptage pr\u00e9cis des cellules dans l&rsquo;environnement de production &#8211; pour l&rsquo;instant. Bien s\u00fbr, des directives sp\u00e9cifiques ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9termin\u00e9es, mais il y a peu d&rsquo;obligations en mati\u00e8re de surveillance de l&rsquo;environnement. Je ne peux pas r\u00e9pondre \u00e0 la question de savoir s&rsquo;il deviendra obligatoire de s\u00e9quencer le g\u00e9nome entier des agents pathog\u00e8nes d\u00e9tect\u00e9s dans l&rsquo;environnement de production. Je sais que cela am\u00e9liorerait la qualit\u00e9 de l&rsquo;ensemble du processus de production et, par cons\u00e9quent, de l&rsquo;aliment lui-m\u00eame. Mais il y a beaucoup de questions auxquelles il faut r\u00e9pondre. Qui va payer pour l&rsquo;analyse, le producteur ou le gouvernement ? Et surtout, qu&rsquo;adviendra-t-il des donn\u00e9es, notamment lorsque des bact\u00e9ries pathog\u00e8nes seront effectivement d\u00e9tect\u00e9es ? Qu&rsquo;est-ce qui encouragera un producteur alimentaire \u00e0 partager ces informations ? Des bact\u00e9ries comme Listeria monocytogenes seront toujours pr\u00e9sentes dans tous les cas. Listeria monocytogenes est naturellement associ\u00e9e \u00e0 de nombreuses mati\u00e8res premi\u00e8res car il s&rsquo;agit d&rsquo;un organisme environnemental. Elle n&rsquo;est pas limit\u00e9e au b\u00e9tail et peut \u00eatre trouv\u00e9e presque partout. C&rsquo;est \u00e0 nous de la trouver et de l&rsquo;\u00e9liminer pour l&#8217;emp\u00eacher de nuire. La surveillance de l&rsquo;environnement est donc un outil puissant pour d\u00e9tecter les agents pathog\u00e8nes avant qu&rsquo;ils ne contaminent le produit final. <\/span><span>Le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome entier fera passer la pr\u00e9vention des risques, et donc la gestion, \u00e0 un niveau sup\u00e9rieur.<\/span><\/p>\n<p style=\"text-align: center;\"><span>Lire aussi: <a href=\"https:\/\/blog.nemistech.com\/fr\/investir-en-solutions-nouvelles-et-innovantes-le-point-de-vue-dun-distributeu\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\"><span data-contrast=\"none\">Investir en solutions nouvelles et innovantes &#8211; le point de vue d&rsquo;un distributeur<\/span><\/a><span data-contrast=\"auto\"> <\/span><\/span><\/p>\n<p style=\"font-weight: bold; text-align: justify;\"><em>Il semble que la puissance de cette nouvelle technologie ne provienne pas d&rsquo;un seul point de donn\u00e9es, mais de son interpr\u00e9tation dans le contexte de toute une collection de points de donn\u00e9es. Existe-t-il d\u00e9j\u00e0 une telle base de donn\u00e9es centralis\u00e9e ?<\/em><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\"><span>Aux \u00c9tats-Unis, l&rsquo;Agence f\u00e9d\u00e9rale am\u00e9ricaine des produits alimentaires (FDA) a d\u00e9j\u00e0 cr\u00e9\u00e9 un tel outil et l&rsquo;a mis \u00e0 la disposition du public. Tout le monde peut s&rsquo;y connecter et consulter les g\u00e9nomes qui y ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9pos\u00e9s. <\/span><span><span>Il est \u00e9galement facile de soumettre simplement une s\u00e9quence de g\u00e9nome et de la comparer aux entr\u00e9es<\/span> de donn\u00e9es existantes pour trouver une correspondance potentielle. Les \u00c9tats-Unis s\u00e9quencent environ 12000 g\u00e9nomes par mois, et cette base de donn\u00e9es va donc s&rsquo;enrichir en permanence. <\/span><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\"><span>Quant \u00e0 l&rsquo;Europe, de nombreuses s\u00e9quences g\u00e9nomiques sont disponibles et publi\u00e9es, mais je n&rsquo;ai pas encore connaissance d&rsquo;une base de donn\u00e9es centralis\u00e9e. Le fait est qu&rsquo;une pression significative s&rsquo;exerce sur les fabricants de produits alimentaires en termes de responsabilit\u00e9. Mais cela est raisonnable, car il y a eu de nombreuses \u00e9pid\u00e9mies dans le pass\u00e9 o\u00f9 les souches qui les avaient caus\u00e9es avaient \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9es des ann\u00e9es auparavant. Je ne sais pas exactement combien de temps il faudra pour \u00e9tablir le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome entier dans l&rsquo;industrie alimentaire, car c&rsquo;est d\u00e9j\u00e0 le cas, d&rsquo;une certaine mani\u00e8re. La technologie existe et continue d&rsquo;\u00eatre am\u00e9lior\u00e9e, ce qui entra\u00eene une r\u00e9duction des co\u00fbts au fil du temps. Cela ne d\u00e9pendra pas seulement de la tarification, mais surtout de la r\u00e9glementation et pr\u00e9cis\u00e9ment des cons\u00e9quences qui sont appliqu\u00e9es lorsqu&rsquo;un agent pathog\u00e8ne est d\u00e9tect\u00e9 dans l&rsquo;environnement de production. En ce qui concerne les produits finis, tout est d\u00e9j\u00e0 r\u00e9glement\u00e9, et les mesures sont \u00e9videntes. Mais je pourrais imaginer que les normes de qualit\u00e9 et de s\u00e9curit\u00e9 pour l&rsquo;environnement de production sont la prochaine chose qui sera normalis\u00e9e et appliqu\u00e9e l\u00e9galement. Mais je ne sais vraiment pas \u00e0 quoi ressemblera le cadre final. <a href=\"https:\/\/chimia.ch\/chimia\/article\/view\/2020_791\/267\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\"><img decoding=\"async\" style=\"height: auto; max-width: 100%; width: 410px; float: right;\" src=\"https:\/\/25392440.fs1.hubspotusercontent-eu1.net\/hubfs\/25392440\/CTA%20for%20NEMIS%20blog%20(8)-1.png\" alt=\"Listeria testing\" width=\"410\" height=\"484\" \/><\/a><\/span><\/p>\n<p style=\"font-weight: bold; text-align: justify;\"><em>Si vous \u00e9tiez un producteur alimentaire, comment vous pr\u00e9pareriez-vous \u00e0 cet avenir sp\u00e9cifique de la s\u00e9curit\u00e9 alimentaire ?<\/em><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\"><span>Tout ce que je peux dire, c&rsquo;est qu&rsquo;en tant que scientifique, je sais que cette nouvelle m\u00e9thodologie aura un impact \u00e9norme pour rendre les aliments plus s\u00fbrs dans le monde entier. Je pense que de nombreux producteurs de denr\u00e9es alimentaires aimeraient utiliser cette technologie pour am\u00e9liorer la s\u00e9curit\u00e9 et la qualit\u00e9 des aliments qu&rsquo;ils produisent. Mais ce qui n&rsquo;est pas encore clair, c&rsquo;est la mani\u00e8re dont l&rsquo;information sera trait\u00e9e. Comme nous l&rsquo;avons \u00e9tabli, l&rsquo;entr\u00e9e de Listeria monocytogenes, par exemple, dans l&rsquo;environnement de production est typique, car elle est associ\u00e9e aux mati\u00e8res premi\u00e8res. Mais en tant que lecteur non familier, il se peut que je comprenne mal le sens de l&rsquo;expression \u00ab\u00a0trouver Listeria monocytogenes\u00a0\u00bb. Et je pourrais imaginer que les producteurs de denr\u00e9es alimentaires ne veulent pas \u00eatre punis pour avoir fait les efforts suppl\u00e9mentaires n\u00e9cessaires \u00e0 la mise en place d&rsquo;un programme de surveillance environnementale, \u00e0 la d\u00e9tection des agents pathog\u00e8nes, \u00e0 leur s\u00e9quen\u00e7age et donc \u00e0 leur identification. La s\u00e9curit\u00e9 alimentaire fonctionne parce que des cons\u00e9quences s\u00e9v\u00e8res sont pr\u00e9vues en cas de contamination du produit fina<span>l.<\/span><\/span><span> La philosophie de la surveillance environnementale devrait \u00eatre exactement l&rsquo;inverse, et les producteurs de denr\u00e9es alimentaires devraient \u00eatre r\u00e9compens\u00e9s pour avoir d\u00e9tect\u00e9 les agents pathog\u00e8nes avant qu&rsquo;ils ne soient dangereux.<\/span><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\"><img decoding=\"async\" style=\"width: 133px; float: left;\" src=\"https:\/\/f.hubspotusercontent-eu1.net\/hubfs\/25392440\/Lars%20Fieseler.png\" alt=\"Lars Fieseler\" width=\"133\" \/><\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">Le professeur Lars Fieseler est enseignant et chercheur \u00e0 l&rsquo;Institut de l\u2019environnement et des ressources naturelles (ZHAW), o\u00f9 il dirige le d\u00e9partement de microbiologie alimentaire et le centre de gestion de la s\u00e9curit\u00e9 alimentaire et de la qualit\u00e9. Il est sp\u00e9cialis\u00e9 dans la d\u00e9tection des agents pathog\u00e8nes d&rsquo;origine alimentaire et des bact\u00e9riophages et a publi\u00e9 d&rsquo;innombrables articles.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Une interview exclusive avec le professeur Lars Fieseler, responsable de la microbiologie alimentair&#8230;<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":8161,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[151],"tags":[51,52],"class_list":["post-8167","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-blog","tag-securite-alimentaire","tag-surveillance-de-lenvironnement"],"acf":[],"yoast_head":"<!-- This site is optimized with the Yoast SEO plugin v24.8.1 - https:\/\/yoast.com\/wordpress\/plugins\/seo\/ -->\n<title>S\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique : l&#039;avenir 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